计算机学系于2024年学院内设机构调整时成立，前身为计算机科学与技术教研室，下设计算机科学与技术专业。计算机科学与技术专业2003年招生，是学院最早设立的专业，现为国家一流本科专业建设点、校重点专业和重点学科，先后入选江苏省品牌专业二期和三期建设工程、江苏省卓越工程师教育培养计划2.0专业。学系主要参与建设江苏省智慧中医药健康服务工程研究中心、唐仲英基金会中医疫病研究中心、医药信息技术实践教育中心等省级平台，为教师科研和学生创新实践提供平台支持。
学系拥有一支具有计算机、软件工程、人工智能、中医药等交叉学科背景的高水平师资队伍，聚焦“智能+中医药”交叉学科领域研究。专任教师中高级职称比例45%，博士学位比例82%，江苏省教学名师1人，入选省有突出贡献中青年专家、省“青蓝工程”创新团队带头人、省“333工程”、省“六大人才高峰”、科技副总等省级人才工程10多人次。近5年，专任教师主持国家自然科学基金、国家重点研发计划子课题等国家级项目10余项，获省部级科技奖励10余项。
学系坚持“学生中心、产出导向、持续改进”的教学理念，注重学生解决复杂工程问题能力的培养。通过科研反哺教学、本科生导师制、学赛结合等举措，加强学生实践能力培养和创新创业教育。近五年，学生获“互联网+”、挑战杯、数学建模、计算机设计大赛等学科竞赛国家级奖项40余项、省级奖项100余项，立项国家级大学生创新创业训练项目10多项，在全国中医药院校中起到很好的示范引领作用。