数学教学部成立于2024年5月，原为数学教研室，主要承担全校本科生的《高等数学》、《概率论与数理统计》、《线性代数》、《医药数理统计》、《优化论》等基础课程和《数学建模》、《高等数学方法与应用》两门校内通识选修课程的教学工作，其中《医药数理统计》、《数学建模》和《概率论与数理统计》为校级一流课程，《高等数学》为“双一流”和高水平大学建设校课程思政培育项目。
数学教学部现有教师12名，其中7位博士，副教授7名，是一支团结友爱、互帮互助、乐于奉献、充满活力的教学团队。连续三届获得南京中医药大学教育教学成果奖，2名教师获得“杏林名师”称号，10多人次获得江苏省普通高校青年教师竞赛奖项。主编《医药高等数学》、《医药高等数学习题集》、《离散数学》等教材。主持国家自然科学基金青年项目3项，天元基金1项，省自然科学基金5项，厅局级项目5项，校级项目4项。发表SCI论文20余篇，中文核心论文10余篇。
数学教学部承担各级各类数学建模和高等数学竞赛，指导学生获得“高教社”全国大学生数学建模竞赛一等奖2名，二等奖9名，省级奖项30多名，获得美国大学生数学建模竞赛F奖2项，M奖2项，H奖10多项，获得百余项MathorCup全国高校数学建模挑战赛奖项，获得江苏省高等数学竞赛两百多项，多名教师获得江苏省高等数学竞赛优秀指导教师称号。教学部所在支部评为省级样板党支部。