学院前身是南京中医学院1984年成立的“中医计算机应用研究中心”，2003年成立了信息技术学院。2019年6月，为了加强现代信息技术对医药类主干学科的支撑融合，发展人工智能、智能医学和医学信息工程与技术，学院更名为人工智能与信息技术学院。目前学院拥有“计算机科学与技术”国家一流本科专业和校级重点学科、“软件工程”江苏省一流本科专业和校级重点培育学科，与文献所共建“中医药信息学”国家中医药管理局重点学科，拥有“南京中医药大学唐仲英中医疫病研究中心”和江苏省智慧中医药健康服务工程研究中心，设有“计算机科学与技术”、“软件工程”、“医学信息工程”、“人工智能”4个本科专业，以及“软件工程”一级学科硕士点、“中医药信息学”自主设置二级学科博硕士点，在校学生700余人。

学院下设中医药人工智能系、医学信息系、计算机系、智能软件系等4个系，计算机基础教学部、数学教学部、物理教学部等3个教学部，以及“信息技术实验中心”和“医药信息技术实践教育中心”2个省级实验教学示范中心。现有教职工80人，其中专任教师66人，具有高级职称约占47%、具有博士学位约占67%，博士生导师3人、硕士生导师17人；江苏省教学名师1人、江苏省有突出贡献中青年专家1人、江苏省高校“青蓝工程”科技创新团队1个、江苏省“333工程”中青年科学技术带头人3人、江苏省“六大人才高峰”培养对象3人、江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人3人、江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师5人；青年教师中有近20人赴澳大利亚悉尼大学、西悉尼大学、斯威本科技大学、美国弗吉尼亚大学等高校进行课程培训和学术交流。近3年学院专任教师主持国家自然科学基金项目和国家重点研发计划子课题等国家级项目18项，获山东省科技进步一等奖、全国商业科技进步一等奖等省部级教学科研成果奖20多项。

学院积极探索教书育人的新思路、新方法，立足制度创新、方法创新、活动内容和形式创新，有效实施学生教育、管理和服务工作。选拔优秀教师担任本科生导师，全体教师党员与学生班级共建，教师指导学生开展第二课堂教学、开办学术讲座、开展师生共建等丰富多彩的活动，学院形成了良好的育人环境，大学生综合素质和实践能力得到全面提高。通过学赛结合、一室一赛、科研反哺教学等措施，近3年指导学生在中国“互联网+”大学生创新创业大赛、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛、全国大学生数学建模竞赛、中国大学生服务外包创业创新大赛、中国大学生计算机设计大赛、“蓝桥杯”全国软件和信息技术专业人才大赛等国家级和省级学科竞赛中获奖300余项，学生创新精神及实践能力得到显著提高。

学院建立了全面的就业指导服务体系，毕业生就业率均在学校名列前茅，且就业质量高，专业对口率高，多数在IT企业、医院、医疗机构、政府机关等企事业单位从事计算机相关工作。部分优秀毕业生考入浙江大学、南京大学、东南大学、中山大学、哈尔滨工业大学、华东师范大学、英国谢菲尔德大学、英国伯明翰大学、英国约克大学、澳大利亚墨尔本大学、澳洲国立大学、圣安德鲁斯大学、斯威本科技大学等国内外知名大学攻读硕士研究生。

学院已与10多家软件企业建立了实习基地，同时依托学校所建立的江苏省中医院等50多家附属医院和临床实习医院，为本科生的教学实践和毕业实习提供了广阔的实习实践平台。