软件工程教研室成立于2006年5月，现有专职教师9名，其中副教授4名，讲师5名，博士4名，硕士5名。承担信息技术学院计算机科学与技术专业、软件工程专业和经贸学院信息管理与信息系统专业、电子商务专业的软件系列课程的教学任务。其中，数据库原理与应用为南京中医药大学校级精品课程。
参加和主持各级各类科研项目30多项，其中国家级9项，部省级项目7项，主持厅局级项目2项，校级课题十余项。发展论文90多篇，主编、副主编、参编规划教材十多部，其中主编2部，副主编2部。
教研室是一个团结向上的集体，是南京中医药大学大学优秀教研室之一。多位教师获得省优秀论文奖、南京市优秀学术论文奖、先声优秀教师奖、五四青年奖章、先进个人、优秀共产党员、优秀大学生创新实践指导教师、优秀班主任和优秀本科生导师、优秀学业指导教师、江苏省计算机协会先进会员等奖项。