“软件工程”重点培育学科是南京中医药大学2013年5月建立的15个校级重点学科。学科现有教授1人，副教授5人，讲师11人，博士4人；博士生导师1人、硕士生导师2人，江苏省“333工程”中青年科学技术带头人1人、江苏省“六大人才高峰”高层次人才1人、江苏省“青蓝工程”培养对象1人。
团队的专家、研究员、学者有多年的合作经验，先后合作并完成多个国家级、省级科研项目，积累了丰富的课题研究、课题开发经验。尤其是自2010年以来，先后有12人次参与国家自然基金制药工程、中药工艺处理、方剂配伍领域的数据分析与挖掘、模型建立、系统平台工作，完成了6项国家级课题的研究，8项厅局级以上项目。目前3项国家自然科学基金项目、1项江苏省自然科学基金、2项江苏省中管局科技项目正在研究中。
团队成员承担并建设了本校计算机科学与技术专业、软件工程专业、信息管理与信息系统专业、电子商务专业的全部软件系列课程以及全校软件系列公共课程，教学方法先进，教授内容丰富，得到了同学们一致的好评。尤其在中外联合办学中，全程跟进联合办学项目，先后有7人赴澳大利亚交流学习，2人次赴美国访问学习，自主开设了6门双语课程，中西合璧，教学相长，积累了丰富的经验。
学科主要成员近5年发表论文50余篇，出版教材6部。科研成果获中国商业联合会科学技术奖一等奖、二等奖、三等奖等省部级和市厅级奖近10项。
主要研究方向有中医药健康云建设、中医药知识库与数据分析与挖掘、医学图像处理与模式识别RFID传感器数据处理等四个方向。
方向1：中医药健康云建设
本研究方向主要研究云计算基本知识、基本原理和基本技术，研究中医药健康云软件体系结构、软件架构技术与软件架构模型，利用现代软件架构技术、信息抽取与分析处理技术建设中医健康数据中心、中医药知识库，并进一步提出中医药数据中心、中医药知识库的云架构模型，力争建设中医健康私有云、中药知识私有云，为大健康建设服务。
方向2：中医药数据分析与挖掘
主要以计算机软件与理论教研室为核心单位，联合学校各有关单位，面向学校的科研、教学研究中需要解决中医数据仓库建立、知识库集成、数据处理、数据分析、数据挖掘任务，提供专业的技术服务。
开展中医药数据库模型建立、知识库架构及关联规则、聚类分析、决策树、回归分析、人工神经网络、SVM等方法在中医新药研发、药品分类、复方配伍规律、辅助诊断等领域的应用研究、技术指导工作，业务层面上着眼校内进行技术支撑、放眼校外开展社会服务。
方向3：医学图像处理与模式识别
用图像处理技术分析处理医学图像，增强图像效果，提高诊疗水平。研究计算机针灸辅助系统和其他中医药辅助系统。收集临床疾病在虹膜图像中的特征表现等相关资料和案例，初步发现虹膜图像纹理和临床疾病之间存在一一对应的关系。
在临床医生的指导下，对不同症状的疾病和疾病的不同状态制定其量化标准，寻找中医征候与虹膜图像区域的映射关系。按疾病类型和疾病状态两种方式进行分类，通过设计分类器，将相应区域特征或组合特征与标准特征比较，得出疾病类型及状态，辅助检测。
方向4：RFID传感器数据处理
研究RFID、传感器等物联网信息技术，研究中药物联环境监测平台、RFID射频标签平台、智能移动平台等实用系统，通过RFID射频标签、无线传感器获取中药生产、中药加工相关信息，将RFID技术应用于中药的种植和生产环节。
研究RFID数据中包含的信息，包括货物的种类、流通路径以及流通时间；基于RFID探索集中在中药数据流分析、基于路径的分类和聚类分析、频繁模式和序列模式分析以及孤立点分析等问题上。其中，RFID 路径挖掘对于企业分析货物流通时间和流通方向，制定商业计划，有着非常重要的意义。